花蓮、臺東兩縣，地處臺灣東隅，原無高分院檢之設置，上訴二審之案件，當事人須分別遠赴臺北、臺南訴訟，來回奔波極為不便。前司法行政部基於便民之意旨並順應地方輿情，乃於民國54年5月1日先行設立臺灣高等法院花蓮臨時庭暨檢察官辦公處，並積極籌設花蓮高分院、檢事宜。至民國61年7月15日，正式成立臺灣高等法院花蓮分院暨檢察處，並於民國62年2月1日遷入現址辦公。
　　民國78年12月24日，配合法院組織法修正實施，改制為「臺灣高等法院花蓮分院檢察署」。88年1月22日配合臺灣高等法院花蓮分院，成立「臺灣高等法院花蓮分院檢察署臺東臨時辦公室」。
　　民國107年5月25日，法院組織法第114條之2修正案生效，檢察機關名稱去法院化，本署更名為「臺灣高等檢察署花蓮檢察分署」。