本署依法院組織法及高等檢察署及其檢察分署處務規程之規定，組織及編制如下：本署置檢察官若干人，其員額以法律定之，以一人為檢察長，並分股辦事。本署設書記處、人事室、會計室、統計室、政風室、資訊室、紀錄科、文書科、研考科、執行科、總務科、法警室等科室。

各科室業務職掌：

檢察長：臺灣高等檢察署花蓮檢察分署置檢察長一人，綜理全署檢察及行政事務。
檢察官室：辦理刑事案件之偵查，提起公訴，實行公訴，協助及擔當自訴 等事務。
書記處：置書記官長一人，承檢察長之命，處理行政事務。
書記處紀錄科：辦理案卷及文件之點收、收管、整理、記錄、編訂、公告、交付送達及歸檔等。
書記處執行科：辦理執行案卷整理、編訂、發送及歸檔等。
書記處文書科：辦理文卷之收發、繕印、整理及檔案之保管、印信之典守，圖書之編排及保管，集會之紀錄等。
書記處總務科：辦理庶務、訟費及經費出納，財產物品之購買保管，贓證物品之保管暨員工福利等。
書記處研考科：辦理研究發展、考核、便民服務等。
書記處法警室：維護機關安全，提解人犯及訴訟文書送達等。
人事、會計、統計、政風、資訊室：分別依法辦理人事管理、歲計、會計、統計、政風及資訊業務等。

本署各科室聯絡電話一覽表

                                             總機：03-8225112 傳真電話代表號：03-8235890

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